如果你打算開始閱讀電子書，那么你首先要面對一大堆文件格式：epub、pdb、BeBB以及Adobe Content Server 4，諸如此類不勝枚舉。
新興的電子書市場正面臨著文件格式不兼容和不連貫的困擾。這意味著，你從一家網絡書店(例如新推出的Barnes & Noble網絡書店)買來的電子書，基本上沒有可能在亞馬遜Kindle和索尼Reader等其他主要電子書閱讀器上使用。
實際上，大多數主要閱讀器設備和電子書店都使用了專有格式。亞馬遜Kindle使用的是“.azw”格式的電子書，只能在Kindle閱讀器上使用，或是通過亞馬遜提供的軟件在蘋果iPhone(手機上網)上閱讀。Barnes & Noble使用的是“.pdb”的專有文件格式，只能通過該公司提供的軟件，在PC、 iPhone和黑莓上閱讀。
DRM問題
這也是為什么索尼最新舉動會得到電子書用戶一致肯定的原因。索尼周四宣布，旗下電子書店將摒棄原先的專有格式BeBB，轉用由多家出版商、組織開發，并獲得國際電子出版論壇(International Digital Publishing Forum)支持的開放電子書格式Epub。索尼的Reader一直能夠支持Epub格式文件。
但索尼宣布轉向Epub平臺也引發了另外一個問題：出版商仍然希望在大多數新書中添加數字版權管理信息(DRM)，但Epub格式本身卻不包含DRM信息。
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