在營運和督導方面，林炳生引入了一些有西式快餐經驗的管理人員，在中央廚房模式的前提下，提出了一系列的門店營運要求，如產品更加標準化，新的出餐流程要求顧客點餐后5分鐘內做到快速出餐，減少與麥當勞等西式餐飲連鎖在出餐時間上的差距。
中央廚房
永和豆漿的連鎖體系中，加盟商占了很大的比重。但有很多加盟商對林炳生的做法提出了質疑。
對于加盟店而言，一個很大的轉變是，在中央廚房體系之前，加盟商只要按照永和豆漿產品制作流程，可自行采購原料。在建立中央廚房后，永和豆漿要求加盟商直接采購其半成品。這一改變的好處是增加了產品的標準化，加強了公司對加盟店的控制，但很多加盟商認為這是公司削弱加盟店利潤空間的舉措。
林炳生對執行這一模式的決心很大，他對《中國經營報》記者說，如果加盟店達不到公司的這個要求，公司將直接剔除其加盟資格。“剔除資格后他愿意做豆漿還可以做，但不允許再用永和的招牌”。
他認為，只有基于中央廚房模式，永和豆漿的千店計劃、產品標準化和快速出餐的模式才能得以推行。
林炳生給記者算了筆經濟賬：使用公司提供的半成品原料后，加盟商的廚房面積可以縮減，以前公司要求加盟店要有200平方米的面積，現在的要求是150平方米。按照5元/平方米的月租金來算，加盟商每店每個月的租金成本可降低7500元，這在很大程度上可抵消加盟商在采購上的損失。
目前在上海、天津和深圳，永和豆漿的中央廚房體系均已建成，可分別覆蓋其華東、華北和華南的加盟體系。對于西南和西北市場，永和豆漿擬以引入原料和物流合作方的形式，加強對加盟體系的控制。
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